【S&Mシリーズ】 ・すべてがFになる ・冷たい密室と博士たち ・笑わない数学者 ・詩的私的ジャック ・封印再度 ・幻惑の死と使途 ・夏のレプリカ ・今はもうない ・数奇にして模型 ・有限と微小のパン 【Vシリーズ】 ・黒猫の三角 ・人形式モナリザ ・月は幽咽のデバイス ・夢・出逢い・魔性 ・魔剣天翔 ・恋恋蓮歩の演習 ・六人の超音波科学者 ・捩れ屋敷の利鈍 ・朽ちる散る落ちる ・赤緑黒白 【四季シリーズ】 ・四季 春 ・四季 夏 ・四季 秋 ・四季 冬 【Gシリーズ】 ・φ（ファイ）は壊れたね ・θ（シータ）は遊んでくれたよ ・τ（タウ）になるまで待って 【シリーズ外の小説】 ・そして二人だけになった ・墜ちていく僕たち ・奥様はネットワーカ ・探偵伯爵と僕 ・どきどきフェノメノン ・カクレカラクリ ・少し変わった子あります ・ゾラ・一撃・さようなら ・もえない ・神様が殺してくれる 【スカイ・クロラシリーズ】 ・スカイ・クロラ ・ナ・バ・テア ・ダウン・ツ・ヘヴン ・フラッタ・リンツ・ライフ ・クレィドゥ・ザ・スカイ ・スカイ・イクリプス 【Wシリーズ】 ・彼女は一人で歩くのか？ 【Zシリーズ】 ・ZOKU ・ZOKUDAM ・ZOKURANGER 【短編集】 ・まどろみ消去 ・地球儀のスライス ・今夜はパラシュート博物館へ ・レタス・フライ ・僕は秋子に借りがある 【写真集、詩集】 ・アイソパラメトリック ・君の夢 僕の思考 ・議論の余地しかない ・悪戯王子と猫の物語　 【クリームシリーズ（エッセイ）】 ・つぶやきのクリーム ・つぼやきのテリーヌ ・つぼねのカトリーヌ ・ツンドラモンスーン ・つぼみ茸ムース ・月夜のサラサーテ ・ツベルクリンムーチョ 【エッセイ・対談・ファンブック】 ・森博嗣のミステリィ工作室 ・工作少年の日々 ・森博嗣の半熟セミナ 博士、質問があります！ ・「思考」を育てる100の講義 【新書】 ・臨機応答・変問自在 ・臨機応答・変問自在2 ・自由をつくる 自在に生きる ・小説家という職業 ・科学的とはどういう意味か ・「やりがいのある仕事」という幻想 ・夢の叶え方を知っていますか？ ・集中力はいらない 【ノヴェライズ】 ・トーマの心臓